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Er war zunächst Advokat in Tübingen; 1787 übernahm er die Cottasche Buchhandlung in Tübingen. 1811 wurde das Geschäft nach Stuttgart verlegt und mit einer Druckerei verbunden. Als Verleger Schillers und Goethes und aller literarischen Größen Deutschlands berühmt. Vater war Hof- und Kanzlei-Buchdruckereibesitzer Christoph Friedrich Cotta in Stuttgart (1730–1807), gab seit 1760 die Hofzeitung, seit 1791 ein “Oekonomie-Wochenblatt” heraus. Johann Friedrich Cotta sollte Theologie studieren.
Er schrieb sich 1782 in Tübingen für Rechtswissenschaften ein; nach Vollendung der Universitätsstudien und Reise nach Paris (er begleitete den Kupferstecher und Professor an der St. Kunstschule, Johann Gotthard v. Müller (geb. 1747), wurde er Advokat; laut Brief vom 11. Juli 1787 an Buchhändler Reich in Leipzig (Vorstand der Weidmann’schen Buchhandlung) bittet er um Rat wegen Übernahme des väterlichen Geschäfts; aus weiterem Brief von Cotta vom 18. Dez. 1787 an Reich geht hervor, daß Cotta sich in allen Fällen an Reich wenden darf.
Am 1. Dez. 1787 übernahm er die väterliche Handlung.
Ostern 1788 reiste er zum ersten Mal zur Buchhändlermesse nach Leipzig, um Verbindungen zu knüpfen.
Er verband sich 1789 mit Kanzlei-Advokaten Dr. Zahn aus Calw zum Vertrieb der Buchhandlung (Zahn schied 1797 wieder aus); Bekanntschaft mit Schiller und Goethe; verlegte Dichter, Philosophen, Historiker, Geographen, Naturwissen-schaftler, Juristen, u.a.: Herder, Wieland, A. W. Schlegel, F. von Schlegel, Tieck, Jean Paul Richter, Voß, Heinrich v. Kleist, Haug, Hölderlin, Matthisson, Hebel, Schenkendorf, Reickert, Zedlitz, Uhland, Kerner, Schwab, Pfeffel, Klingemann, Niembsch (Lenau), Brüder Humboldt, Hegel, Schelling; verlegte auch politische Blätter: “Deutscher Beobachter” (im Verein mit Reimer und Perthes, 1815 eingestellt); “Politisches Journal”, 1827 von D. Lindner in München begonnen; “Inland”, von Scholz in München 1830 redigiert; “Die neueste Weltkunde”, seit 1. Jan. 1798 unter Redaktion von Posselt, am 9. September 1798 unter Zensur als “Allg. Zeitung” erschienen, unter Leitung von L. F. Huber in Stuttgart, Okt. 1803 Verbot, erschien im Nov. 1803 als “Kaiserlich und churpfalzbairisch privilegirte Allgemeine Zeitung” in Ulm, ging nach dem Tod Hubers (24. Dez. 1804) in Hände von Stegmann, 1810 Übersiedlung des Blattes nach Augsburg, später München.
Reisen nach Paris 1799/1802 (od. 1801) mit polit. Auftrag (1799 als Abgeordneter der würtembergischen Landstände)
1811 Verlegung des Buch-Verlages und der Druckerei nach Stuttgart, errichtete dort eigene Druckerei. Vgl. seine mit 19. März datierte Anzeige in: Morgenblatt für gebildete Stände, Jg. 5, IB 7 zu Nr. 77 (30. März), S. 28
1814/1815 Reise zum Wiener Kongress mit Bertuch aus Weimar (geschickt von einer Anzahl deutscher Buchhändler), um für Gewährung der Pressefreiheit und Abschaffung des Nachdruckes zu wirken.
Er nahm 1815 (?) als Abgeordneter des Oberamtsbezirkes Böblingen am Verfassungskampf in Württemberg teil.
verkaufte 1816 das Tübinger Haus an Buchhändler Laupp (Caupp?), behielt Tübingen im Firmennamen bei.
1816/1817 Mitglied der Centralleitung des Wohltätigkeitsvereins, trat 1819 in der constituierenden Versammlung für den Grafen v. Vissingen als Virilstimmführer ein.
1820 ritterschaftlicher Abgeordneter des Schwarzwaldkreises auf den würtembergischen Landtagen.
1821 Mitglied des ständischen Ausschusses (bis 1831).
1823 erwarb er ein größeres Anwesen in Augsburg.
1824 Vizepräsident der zweiten Kammer des Landtages (bis 1831); am 2. Okt. 1824 kaufte er die ersten zwei Schnellpressen (von König und Bauer).
1825 kaufte er die Klostermühle zu Schwarzach.
1827 in München Gründung der Literarisch-Artistischen Anstalt für lithographische Vervielfältigungen und Kupferdruck nebst Buch-, Kunst- und Landkartenhandlung.
1828 Beauftragter von Bayern und Württemberg in Berlin für Zustandekommen der Handels- und Zollvereinigung; Cotta war auch als Landwirt, insbesondere in der Schafzucht, tätig; regte auch Dampfschiffahrt auf Bodensee (1825), Oberrhein, Main u. Donau an; Ausarbeitung eines Plans für Hypotheken- und Wechselbank in München
